Erasmus MC verbetert onderzoeksprocessen met Electronic lab Notebook

Het Erasmus MC werkt hard aan het verbeteren van de zorg van vandaag en de gezondheid van morgen. Het Research Suite programma is een meerjarig programma om met IT-infrastructuur, datamanagement en data science de wetenschappelijke positie van het Erasmus MC te versterken. Een van de projecten binnen het Research Suite programma van het Erasmus MC is het Electronic Lab Notebook project om de onderzoeksprocessen binnen de laboratoria van het Erasmus MC te verbeteren. Joren Roelofs, senior adviseur bij M&I/Partners, had als projectmanager Research Suite de opdracht om het centrale Electronic Lab Notebook te selecteren en te implementeren.

Onderzoeksprocessen verbeteren met Electronic Lab Notebook

Het Electronic Lab Notebook (ELN) project is opgestart om de onderzoeksprocessen binnen de laboratoria van het Erasmus MC te verbeteren. Dit is gerealiseerd door een gecentraliseerd ELN aan te bieden die afgestemd is op de best practices binnen het Erasmus MC. Het ELN vervangt de papieren labjournaals en verschillende decentrale oplossingen die binnen de labs en afdelingen in gebruik waren. Met het ELN zijn researchanalisten en onderzoekers in staat om de experimenten te managen, uitkomsten te registeren, te analyseren, samples te beheren, Standard Operating Procedures (SOP’s) toe te passen en hun onderzoeksapparatuur efficiënt in te zetten. Naast de kwaliteitsverbetering voldoet het Erasmus MC met het ELN aan wet- en regelgeving, eisen van subsidieverstrekkers en marktstandaarden. Het ELN wordt door de Research Suite als dienst aangeboden aan de onderzoeker en is zowel via de werkplekken als mobiele devices beschikbaar.

De rol van M&I/Partners

Joren Roelofs van M&I/Partners had als projectmanager Research Suite de opdracht om het centrale Electronic Lab Notebook te selecteren en te implementeren. De dienst is in 2020 onder begeleiding van M&I/Partners Europees aanbesteed en in 2021 bij meer dan 100 onderzoeksgroepen geïmplementeerd. 

Uitdaging

Het Erasmus MC is een complexe organisatie die bestaat uit veel onderzoeksgroepen met verschillende soorten onderzoek op tal van gebieden. De eerste uitdaging was om met al deze verschillende belangen van alle stakeholders tot een gezamenlijk programma van eisen en wensen te komen. Om uiteindelijk tot één dienst te komen waar alle onderzoeksgroepen hun laboratoriumonderzoek mee kunnen uitvoeren. 

“Met een brede afvaardiging in de projectgroep, verschillende workshops en klankbordgroepen is deze klus geklaard. Ook de inbreng van alle ondersteunende functies (inkoop, JZ, ICT, security en de Research Suite) heeft bijgedragen om de aanbesteding een succes te maken. Daarbij is de gebruiksvriendelijkheid als apart belangrijk aspect meegenomen. De gebruikersvriendelijkheid is door een vertegenwoordiging van de eindgebruikers zelf beoordeeld en meegenomen in gunningscriteria. Vanwege de COVID-19 situatie heeft het hele aanbestedingsproces digitaal plaatsgevonden.“ vertelt Joren Roelofs

Migratie en Implementatie

Na de aanbesteding, selectie en aanschaf is het Erasmus MC brede ELN gerealiseerd. Onderzoeksgroepen die al gebruik maakten van de publieke variant van de dienst zijn gemigreerd naar de private cloud. De meeste onderzoeksgroepen werkte nog met papieren labjournaals of oplossingen van andere leveranciers. Voor deze groepen is er samen met de projectgroep een best practice ontwikkeld. Om deze vervolgens uit te rollen bij de onderzoeksgroepen en de gebruikers erin te trainen. Inmiddels werken meer dan 100 onderzoeksgroepen met 600 research analisten/onderzoekers met het ELN. 

“Joren heeft de aanbesteding van het ELN begeleid en aansluitend na gunning de implementatie opgepakt. Hierbij moesten grote groepen gebruikers die onderling veel verschillen overstappen op een nieuwe werkwijze. Dit hele proces is heel soepel, zonder veel weerstand verlopen, dit is mede te danken aan de pragmatische werkwijze van Joren.” Robert Veen, programmamanager Research Suite Erasmus MC.

Resultaten

• Laboratoriumexperimenten uitvoeren en vastleggen, ook op afstand
  De belangrijkste functionaliteit van het ELN is laboratoriumexperimenten uitvoeren en vastleggen. Het ELN stelt researchanalisten en onderzoekers in staat op de workflow van het onderzoek over verschillende personen te stroomlijnen en (op afstand) samen te werken aan experimenten. Zo is er snel inzicht in de status van de ieders experimenten binnen een onderzoeksgroep. Ook is het makkelijker om resultaten te delen en later terug te vinden. Veel voorkomende experimenten kunnen efficiënt worden uitgevoerd te werken met experiment templates en standard operating procedures. De benodigde stappen en middelen worden dan automatisch berekend en de experimenten eenduidig vastgelegd. Dit komt ook de kwaliteit en de reproduceerbaarheid te goede. Daarnaast kunnen de vastgelegde resultaten (eventueel na aftekenen van een collega) worden bevroren voor intellectueel eigendom (IP) doeleinden.
• Sample & Inventory management
  Naast het uitvoeren en vastleggen van experimenten stelt het ELN researchanalisten en onderzoekers in staat om de gebruikte en gegenereerde samples vast te leggen en te koppelen aan de uitgevoerde experimenten. Zo ontstaat er snel zicht op wat er wanneer is gebruikt en waar de samples zich bevinden. Ook de eigenaar is makkelijk te achterhalen. Via gegenereerde barcodes kunnen samples eenvoudig worden vastgelegd, opgeslagen in de storage en weer worden opgezocht. De voorraad van andere benodigde materialen kan via de voorraadbeheer module worden bijgehouden.
• Samenwerken en uitwisseling
  Binnen het Erasmus MC zijn er op verschillende onderzoeksgroepen eigen procedures en werkwijzen ontstaan. Neurologie doet het anders dan virologie, en virologie weer anders dan klinische genetica. Het ELN stelt onderzoekers in staat om deze werkwijzen uit te wisselen, op elkaar af te stemmen en de uniformeren. Denk daarbij aan de workflow van de experimenten, structuur, templates, sampletypes en standard operating procedures. De Research Suite biedt een best practice aan die onderzoeksgroepen zelf kunnen fine tunen op hun onderzoek. Uitwisseling en samenwerking tussen onderzoekers wordt hierdoor eenvoudiger en er wordt op een eenduidige manier gewerkt. Daarnaast stelt het ELN onderzoekers in staat om storage en onderzoeksapparatuur met elkaar te delen en efficiënt gebruik te maken van de beschikbare middelen.
• Borging integriteit wetenschappelijk onderzoek
  Bij het uitvoeren van wetenschappelijk onderzoek in het Erasmus MC moeten integriteit en transparantie aantoonbaar zijn georganiseerd. Dit geldt zeker voor de experimenten binnen de laboratoria. Het ELN stelt de analist/onderzoeker in staat om alle stappen en de resultaten gedocumenteerd vast te leggen en de integriteit te borgen middels een audit trail. Daarnaast wordt via fijnmazige autorisaties de vertrouwelijkheid van het onderzoek geborgd.
• Toepassing binnen het onderwijs
  Naast wetenschappelijk onderzoek wordt het ELN nu ook toegepast binnen onderwijs om de researchmaster studenten nog beter te begeleiden bij hun scriptie. De experimenten voeren ze uit in het ELN waarbij de resultaten gedeeld worden met de begeleider. Deze kan op afstand beoordelen en ondersteuning bieden. Daarnaast doen de studenten ervaring op met het gebruiken van een ELN voor de toekomstig werk en onderzoek.